המקום בו עומד היום מרכז בגין הוא כתף הינום. השם נקבע ע"י ד"ר גבי ברקאי כשילוב בין כתף היבוסי לגיא בן הינום. זו הצטלבות בין עמק רפאים לבין גיא בן-הינום. האתר יושב על אם הדרך בין בית לחם לירושלים (שופטים י"ט, י-י"ב), והיה נקודת מפגש צירים חשובה ביותר בימי קדם. בשל מיקומו של האתר ביחס לעיר העתיקה היתה לו חשיבות אסטרטגית רבה ביותר לאורך שנים ארוכות.
ניתן לראות באתר זה כיצד קברו את המתים בימי קדם. האתר עצמו מתוארך לימי בית ראשון, בסביבת המאה השישית/שביעית לפני הספירה, קרי הוא בן כ-2600-2700 שנים. המלך אז היה יאשיהו והנביא היה ירמיהו.
בעבר, עמדו כאן מערות קבורה, אלא שתקרותיהן קרסו או שימשו לחציבת אבני בניין בתקופות מאוחרות יותר, ונותר מה שנראה לעינינו. המתחם שימש משפחות אמידות, שכן פשוטי העם לא היו יכולים לדאוג למערת קבורה שכזו (הם פשוט נטמנו בבור בשדה פתוח, ולא נותר להם זכר). המערות שימשו משפחות יהודיות ירושלמיות, שהחזיקו אותן במשך דורות.
תהליך הקבורה, הורכב משני שלבים (בניגוד לימינו). את הגופה הכניסו מפתח המערה לבריכה שבחדר הרחוק יותר ממבנה מרכז בגין, שם טיהרו אותה, וניקזו ממנה את ההפרשות. אחר-כך הניחו את הגופה באחד המשכבים, כשהראש במקום המיועד לו (במערה הקרובה לגרם המדרגות יש תשעה מקומות להנחת המתים – אפשר לספור). לאחר הריקבון, או כשכל המדפים היו מלאים והיה צריך לפנות מקום, נלקחו השלדים (או הגופות), והונחו במאספה שמצויה מתחת לשורת המשכבים. אנשים נקברו עם בני-משפחתם מדורות קודמים, ולכן החלל הוא מאספה של עצמות.
בקיץ 1979 ערך ד"ר גבי ברקאי חפירות באתר עם ילדים. על אחד הילדים הוטל לנקות את המערה,(מערה מס' 24, הקרובה למדרגות), והוא בטעות חשף את האוצר, שהיה קבור תחת שכבת אבן. במאספה זו נמצאו כאלף פריטים. בין שלל הפריטים זוהו שרידים של 95 שלדים (למעשה, נותרו בעיקר שיניים), ופריטים אחרים כמו חרוזים ומטבעות כסף, שמחזקים את הטענות לגבי חשיבות האתר בדרך לירושלים.
במערה זו התגלה הטקסט המקראי הקדום ביותר – ברכת כוהנים: "יברכך השם וישמרך, יאר השם פניו אליך ויחנך, ישא השם פניו אליך וישם לך שלום" (במדבר ו', כ"ד-כ"ו). בניתוח נוסף של הטקסט נמצא חלק מפסוק מקראי נוסף: "האל הגדול והנורא שמר הברית והחסד לאהביו [ולשמרי מצותיו]" (דניאל ט, ד; נחמיה א, ה; דברים ז, ט). זהו הממצא המקראי הקדום ביותר בידינו. זו ההוכחה המדעית היחידה לקיום ושימוש בפסוקים מתוך חמשת חומשי התורה כבר בתקופת בית ראשון. ממצא זה קדום בכ-700 שנים למגילות קומראן. ברכת הכוהנים נמצאה על שתי לוחיות כסף טהור, שגולגלו לכדי גליל קטן עם חריר במרכז, וכשנפתחו מידותיהם היו 9.7 ס"מ על 2.7 ס"מ האחד, ו-3.92 ס"מ על 1.1 ס"מ השני. שמו המפורש של האל נמצא על הלוחיות. החוקרים משערים, שהלוחיות נענדו על הצוואר. זהו הקמיע הקדום ביותר המוכר לנו. יתכן מאוד, שהכוהנים מכרו את ברכתם הכתובה לצרכי פרנסה, מעבר למכירת הברכה בעל פה. הממצא יקר הערך נקבר עם בעליו, לפי המנהג באותה עת.
במערות הסמוכות נמצאו גם (א) קברים של חיילי הלגיון הרומי העשירי, שצר על ירושלים בסוף תקופת בית שני (קרי לפני כ-1960 שנים). (ב) מחצבה, ששימשה לבניית בית המקדש. (ג) כנסיה ביזנטית, שפעלה בערך סביב השנים 400-600 לספירה, ומידותיה היו 25X45 מ'. רק קטע קטן מרצפת הפסיפס שרד – ציפור מנקרת אשכול ענבים. כנראה היה גם מנזר צמוד לכנסיה, כי נמצאו שרידי מבנים ובורות מים. המנזר מזוהה עם מנזר גיאורגיוס הקדוש, שבו נטבח חלק מאוכלוסיית ירושלים בעת הכיבוש הפרסי ב-614. (ד) מחסן נשק בימי העות'מנים, שיש שרידים לשריפה של חומר נפץ, שפרצה במקום. במערה זו נמצאו צדפים מים סוף.
כל הממצאים הארכיאולוגיים מוצגים בתצוגת קבע במוזיאון ישראל.